2006年、それまでの「人権委員会」に代わり、人権と基本的自由の保護、大規模かつ組織的侵害を含む人権侵害状況への対処と勧告を任務とする「人権理事会」が設立された。理事国47か国のうち、アジア・太平洋地域には13か国が割り当てられ、日本を含む20か国が立候補し、日本は3位当選を果たして人権理事会最初の理事国に選出された。
任期は3年で、理事国には最高水準の人権状況が求められ、重大な人権侵害を行った理事国に対しては総会の3分の2の多数によって理事国資格が停止される。本拠地はジュネーブで、国連人権高等弁務官事務所(OHCHR)が事務局機能を担っている。年3回の会期では国連全加盟国を対象に、普遍的定期的レビュー(Universal Periodic Review UPR)を行い、各国の人権状況を4年半ごとに調査しているが、コロナ禍のためこのところはオンライン会合になっている。
日本に対する勧告の主なものには慰安婦問題、精神障碍者の長期入院問題、メディアの独立、同一価値労働同一賃金などがある。連絡会は会議の傍聴、公式文書・会議記録の翻訳による周知などの活動を行ってきた。女性差別撤廃委員会は、人権理事会が設置した、女性差別撤廃条約を履行しているかを監視する組織で、日本に対する討議の時には連絡会の会員も活発に活動している。